1.基肥 在轮作中，有机肥多作基肥施于亚麻的前作，以便亚麻大量利用残肥来保证其生育前期有均衡的营养。如果前茬施肥少地力薄的地块，可结合秋翻地施入腐熟的厩肥；也可于春季整地时施用。秋翻地时可以多施，每亩施用2000～2500公斤，春季施肥每亩地可施1000～1500公斤。各地可根据肥源和地力情况灵活掌握。
　　田间均匀施肥可为亚麻创造较好的营养条件，也是获取纤维优质高产的重要条件。结块的肥料，施前必须粉碎并按所需的比例混匀。施肥不均匀，会使亚麻植株高低不齐，局部地段亚麻倒伏，造成收获不便，影响产量和品质。施肥不宜太深，一般以10厘米左右时最好，这个深度是亚麻苗期根系的密集分布部区。施入的养分接近根系，能促进壮苗的形成。
　　对亚麻施用磷钾肥，秋、春两季都可。亚麻根系分布浅，磷钾化肥不应结合秋翻地将其施于土壤深层，应将其施于10厘米左右的深度。如果以大量的化学磷钾肥作基肥，每公顷用量，有效养分达150～200公斤时，则应秋季施用；反之，如果将这么多的肥料施于春播前，就会影响出苗。
　　既要保证亚麻各个生育期对养分的充分需要，又不能引起烧种烧苗，最好采用分层施肥。将一部分肥料与有机肥一起于秋翻地时施于土壤深层，另一部分于春播时，施于土壤浅层。
　　2.种肥 种肥是一种经济有效的施肥措施。在土壤缺磷，磷肥又不足的情况下，播种时施用少量磷肥可获得良好的肥效。基肥用过磷肥，种肥再施磷肥，这等于将磷肥分层施用，可满足亚麻各生育期对磷的需要。氮肥和农家肥料作种肥也有良好的效果。种肥用量，化肥以肥料计算，每公顷50～75公斤即可（以硫酸铵作为标准氮肥计算）。
　　3.追肥 根据土壤肥力，基肥和种肥施用情况，可施用追肥。在播前没有施基肥的，基肥、种肥施用不足，或土壤贫瘠的地块，应及时追施肥料以促进苗壮，每亩施用硝酸铵5～7.5公斤即可，如果土壤缺钾，每亩可追施氯化钾5公斤。
　　在苗高15厘米左右，可再追施硝铵一次，每亩用量5公斤即可。